但这次鲁莽行动的后果，被一直持反对态度的著名考古学家夏鼐先生不幸言中：色彩鲜艳的丝绸类织物在接触空气的瞬间化为灰烬，大量有机质文物遭到毁灭性破坏，连万历皇帝的尸骨，后来也被“红卫兵”焚毁。定陵发掘的考古报告，也是时隔30多年以后才得以完成。
因此，在10余年后，当郭沫若先生再次向国务院报请发掘明长陵及唐乾陵时，被周恩来总理坚决否定后，曾题诗“待到幽宫重启日，延期翻案续新篇”，写出了他的失落与不甘。
时光进入二十世纪90年代，在借鉴国内外文物保护先进经验和理念后，中国政府提出了“保护为主，抢救第一”的文物工作方针，为今后的文物保护和考古发掘确定了基本方向。因此，在面对国内外舆论和社会各界对发掘秦始皇陵地宫的关注时，国家文物主管部门及文物考古界的专家学者，都旗帜鲜明地表达了反对的意见。
国家文物局文物保护司副司长宋新潮：“把它们留在没有开掘过的墓葬里更好，墓内稳定的状态更适合文物长时间保存，至少目前的技术能力和人工环境远远不行!”
中国社会科学院考古研究所所长刘庆柱：“发掘秦始皇陵必须具备这么几个条件：其一，秦始皇陵是中国历史上最大的帝王陵墓，是我们的，也是我们子孙的，对它的发掘必须要具备好的条件;其二，文物是不可再生的，特别是像秦始皇陵这样极其重要的文物，保护条件不好，损失就会很大。
也就是说，必须有万无一失的保护条件;其三，国际上，对一切考古发掘都有着严格的要求，对古遗址都是不主动去发掘。正因为如此，在短期或在一个相当长的时间内，是不会主动对秦始皇陵进行发掘的。”
在文物考古工作者和社会各界的积极努力下，陕西省政府正通过立法等程序对秦始皇陵进行保护。将秦始皇陵区划分为重点保护区和建设控制地带，对可能影响文物安全、环境景观的各种行为做出了严格的限制和规范。
基于上述原因，秦俑博物馆研究室原主任张文立和他女儿张敏合著《秦始皇帝陵》一书中指出：“秦始皇帝陵的发掘，涉及到政治、经济、文化、科技各个方面的因素，是一个系统工程。这就决定了它是遥远的未来，只能耐心地等待，甚至要等待几代人。当然，如果出现某种偶然的奇迹。那就是另一回事了。”
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