据说当年孝陵内每到夜里就会传出一个妇人的哭声，吓坏周围的人们，对于朱元璋下葬前后的灵异事件，究竟是真有其事还是另有蹊跷呢?
朱允炆选择的下葬时间失当，成为燕王朱棣后来起兵造事，把他撵出皇宫的第一理由。
现在，关于朱元璋的死亡时间，众说纷纭。有说是洪武三十一年(1398年)闰五月初九，有说是闰五月初五，有说是闰五月十七日等。为何会有这么多种说法，表面的原因是史书上记载的模糊。如《明史 惠帝纪》只是说明朱元璋闰五月死的，而哪一天并没有说。 但对于下葬时间倒说得很具体，可以确定是洪武三十一年闰五月十六日。
由此推断，死后的第七天朱元璋下葬，所以当年的闰五月初九就是死亡时间。对于朱元璋到底是哪天死的按说应该是很清楚的事情，而史书上写得模糊与朱允炆为掩人耳目，故意混淆是非给朱元璋选择下葬时间相关。
的确，堂堂一位开国之君，死后几天就下葬了，而分封在外地的王子们却没有赶回来明显不正常。所以，朱棣在听说侄儿把他老子匆匆埋了后，十分生气。谈迁的《国榷》记载，朱棣以为父亲奔丧为名，要找朱允炆，这为他以后篡位找到了第一理由。
朱允炆到底是哪一天把祖父葬了的说法很多，明人朱国桢在《皇明大政记》称是有六月初一。《明史本纪》称是五月十六，而《通纪》及《建文朝野类编》都记载是闰五月二十九日。徐乾学在《读礼通考》又称，不是死后七天下葬的，而是七个月后，理由是，朱允炆是很讲礼制的皇帝，不应那么快就把祖父给葬了。
如今史学界大多认为，朱允炆确实是“速葬”了朱元璋。有史书上称朱允炆敢冒天下之大不韪是因为这是朱元璋自己选择的时间，而秘史更称，朱允炆实际上在即位的前一天就把朱元璋给下葬了。原因是朱元璋担心自己死后出乱子，留下遗言要朱允炆从速办自己丧事的。而朱允炆除了“遵旨”也有私心——急于即位。而从天气的角度考虑，速葬朱元璋也有道理。南京素有“火炉”之称，闰五月时已天气炎热，不早埋了容易发臭。
但决定下葬后发生了什么也成为了一个谜团。
灵异事件：在南京民间有个传说，朱元璋下葬那天出现了“迷魂阵”，就是南京的十三个城门同时出殡。对此迷魂阵有史书疑是假象，因为葬后不久传出朱元璋不是葬在孝陵，而独葬朝天宫。而民间也有说法称当年孝陵内每到夜里便传出马皇后的哭声，原因是守着孤坟悲伤所致。
但后来对于迷魂阵一说还存在着许多争议。有人说如果葬在孝陵内，就没必要搞假象;有人说朱允炆不会忍心把朱元璋葬在陵外的地方;还有人说朱元璋葬在北京的万岁山，但后来经过考证，该说法并不可信。
数年的科学探测、考古证明明孝陵地宫确实存在，但并不能证明朱元璋的尸骨就在地宫中，真相恐怕只有等到开挖明孝陵的那一天才能得知!因此在往后相当长的时间内，朱元璋到底葬在哪仍将是一个谜!
