公元1572年，穆宗由于纵欲过度，又加上长期服用春药，身体每况愈下，不治而亡。穆宗病死后，年仅十岁的朱翊钧(明神宗)即位，尊嫡母陈皇后为仁圣皇太后，居慈庆宫。由于神宗太过年幼不能处理政事，政务全由陈太后和李太后(神宗生母)主持。两宫太后又任命张居正为辅政大臣，整顿朝政，大力改革，开创了万历新政。
陈太后早年居别宫，受尽孤独。当上太后之后，总算过上了安定的日子。之后，她又平静地生活了二十多年，于公元1596年去世，葬于奉先殿别室，未能与穆宗合葬。历史上对陈皇后的记载寥寥，只知道她不得穆宗宠幸，被穆宗治罪后，居于别宫。还与神宗情深，神宗即位后，让她从别宫迁出，居慈庆宫。晚年还算幸福。
