1585年冬天，缅王占据蛮莫，孟养也与其暗中勾结，为了让边境一劳永逸，明朝的地方官李材招抚了两地的土司，先是明军帮助两人收复了还被占领的密堵、送速两城，接着在1588年，两人又叛投了缅甸，1590年，缅军又进攻了孟养等地，虽被击退，但在1591年，由于缅军的不断骚扰，明朝决定对其进行打击，派邓子龙再次前往，缅军撤退到沙州，而明军没有船只，两军僵持了一个月，缅军撤退。
1593年，缅军又来犯，一开始战局顺利，但由于轻敌，受到了重创，退回，只是缅军也没有追击的实力;1595年，缅军又进犯蛮莫但被击退。1606年，缅军攻陷了木邦，但至此两国之间的战事也差不多停止了，一方面是由于明朝的统治已经有了危机，没有能力去收复被占领的土地，另一方面也是因为缅甸开始了统一战争。
明缅战争的过程是漫长的，前后持续了近半个世纪。
明缅战争的影响
明缅战争，是明神宗万历年间明朝与缅甸之间爆发的一场战争，那么明缅战争的影响是什么呢?明缅战争的主要影响，主要可以归结为以下三个方面：
明神宗画像
一、严重破坏了孟密、木邦、孟养等地区社会经济的发展。明代中叶以后，当时处于我国云南西南地区的孟密、木邦、孟养等地区，由于同中国内地的交往日渐密切，社会经济特别是商业和矿业日趋繁荣。明缅战争爆发后，给当地居民带来了巨大的灾难，也严重地破坏了当地的社会经济发展。
二、战争同时给云南人民造成了沉重的苦难。广大无辜的居民，惨遭军队的屠杀。缅甸军队“分道入寇，伤残数郡，蹂嗬一方”，留下“白骨青磷”，以致很多年以后，人犹切齿。为了抵御缅军的入侵，明朝军队的粮响主要依赖云南内地供应。云南高原山路泥泞崎岖，大江奔腾流淌，加上交通条件十分恶劣，“转输米，石运价至千金!”战争中，受苦的永远是无辜的百姓
三、明缅战争影响了两国疆域的变化。战争之后，明朝政府丧失了对孟养和木邦的统治。这些地区主要是由低族、掸族、克钦族居住的地区，并入缅甸后在封建官僚和英国殖民的统治时代，当地人都一直保持着独立性。英国殖民者采取“分而治之”的政策，更是加深了当地少数民族与缅甸的隔阂，增大了了他们之间的差异。自缅甸独立以后，民族的问题也越来越严重，而缅甸北部地区少数民族与缅政府的矛盾，是缅甸民族问题中的一个重要方面。
