就在明朝复兴形势一片大好之际，南明朝廷的内讧又开始了。郑彩想架空朱以海，进而取得实际大权。顺治五年(1648年)，郑彩无缘无故击杀大学士熊汝霖，义兴侯郑遵谦十分不满，郑彩又命人逼迫郑遵谦投海而死。朱以海得知后大怒，指责郑彩说：“杀忠臣以断股肱，我活着还有什么用?”说罢就要跳河，左右侍臣和郑彩赶忙劝阻，最终杀了郑彩手下十余人了事。
接着，不甘心成为傀儡的朱以海任命兵部尚书钱肃乐接任大学士，负责朝政票拟，不料，郑彩多次欺压钱肃乐，导致钱肃乐呕血而亡。清朝派精锐满洲军南下福建，配合浙闽总督陈锦辖下的汉军反攻。此时，郑彩的排斥异己使鲁监国军队战斗力大减，在泉州和漳州一带活动的郑成功也以尊奉死去的朱聿键为名，拒绝接受朱以海号令。这种情况下，先前攻取的福建建宁、福安、罗源、宁德、政安和浙江景宁、庆元、云和、松阳等州县又被清军夺去。
顺治六年(1649年)正月，朱以海只好移驻福建和浙江两省交界的沙埕，几个月后，张名振攻取健跳所，将朱以海迎到健跳所居住。这段时间，权臣郑彩同郑成功发生火并，被郑成功击败，不得已上表求救，朱以海对他断送大明中兴的大好机会极为痛恨，乘机收编郑彩余部。
立足舟山“隆中对”中的第一步收复福建未能成功，张名振修改了计划，他建议朱以海收取被黄斌卿割据的舟山群岛，再连结日本、朝鲜等国，渐图恢复。此刻，朱以海驻跸于健跳所，健跳所只是浙江临海县一个濒海的小地方，难以立足，朱以海和他的大臣们实际上经常住在船上，以防清军来袭。顺治六年(1649年)九月，张名振派兵袭杀黄斌卿，管了黄斌卿军。朱以海到达舟山后，下令礼葬黄斌卿，恩养他的家属，对黄斌卿旧部加以安抚，并且给予赏赐。舟山群岛局势得到稳定，朱以海奋战数年，终于有了一个复兴基地。
