作为一方父母官，他深知百姓疾苦。于是，李元芳冒死上书：请求废除让宛平民众深受其苦的七件事，还谈及世宗皇帝炼丹求仙的害处。上书之后，他便“布袜青衣”，坦然等待受罚。
躲居深宫的世宗最反感臣子上书，李元芳上书后5天没有消息。当时群臣们纷纷议论说“凶多吉少”。谁知世宗皇帝看完奏折后一一批准了。消息传来，宛平县百姓拍手称快。
七条谏书受皇帝批准后，有人以为世宗对李元芳青睐有加，便推荐让其担任台谏——负责专职为皇帝提意见。宦官们暗中多方阻挠，最后李元芳只得出任登州府（今山东蓬莱）同知，几年后转任山西潞安府（今山西长治）同知。任职其间，由于政绩显着，山西巡抚和按察使一起呈文，请擢升李元芳任潞安府知府。谁知，宛平县的惠安伯等人联合宦官，诬告李元芳“拉拢关系，巴结上司”，虽然最后吏部查无实据，不了了之，但李元芳受不了这种打击，称病回归故里秦安，闭门不出，颐养天年。
嘉靖三十二年（1553年）12月21日，李元芳与世长辞，只留下一篇《安命赋》和一世清白名声。
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