此后数年，民间有很多人士尝试调查此案，并出版了相当数量的畅销书。在层出不穷的结论中，古巴政府、中央情报局甚至副总统约翰逊都曾被列为怀疑对象。《沃伦报告》和《众议院遇刺特别委员会报告》都已在美国政府网站上公开刊登。仅还有一小部分和暗杀相关的档案保密至2017年，其他都已开放。 有阴谋论者认为，此次刺杀肯尼迪总统的行为其实是共济会圣殿骑士团的一个阴谋。
肯尼迪之死疑云重重，当局认定的凶手不久也被人枪杀。种种迹象表明真正的幕后黑手是林登·贝恩斯·约翰逊。按照法律，总统在任期内意外死亡由副总统接任。约翰逊对肯尼迪遇刺资料的掩盖和销毁以及对事件极为马虎的草草调查更让人怀疑。1991年，美国上映了著名电影《刺杀肯尼迪》反映了该事件。
葬礼
在贝蒂斯海军医院验尸之后，肯尼迪的遗体为了准备葬礼而运回了白宫的东大厅并放置了24小时。在刺杀事件后的星期日，被美国国旗掩盖住的灵柩被送到国会大厦以供公众悼念。 从早上一直到深夜，成千上万的公众前来悼念这被严密看守着的棺材。来自超过90个国家的代表（包括苏联），参加了在11月25日（当天是他儿子小约翰·肯尼迪三岁的生日）举行的葬礼，其中包括8位国家元首、10位总理（首相）以及大批各国政府要员。
1963年11月25日，美国国会圆形大厅，前来向肯尼迪致以最后敬意的人超过25万。上午11:00，覆盖着星条旗的灵柩从大厅中移出，放置在由4匹马拉的灵车上，首先前往白宫，然后前往圣马修斯大教堂 （St.Matthew's Cathedral），最后被送到了阿灵顿国家公墓并被安葬在一个特制的地下墓穴里。当天全球在电视机前收看葬礼现场直播的人有数亿之多。
死亡之谜疑点重重
当时，美国公众有点不敢接受这个残酷的现实，他们迫切想知道究竟是谁刺杀了他们心目中年轻有为的总统。
根据美国官方当时公布的材料，在事发后不到48小时，中央情报局就在达拉斯市抓获了一名“嫌疑犯”———李·哈维·奥斯瓦尔德。但可疑的是，美国并没有对他提起诉讼，也没有对他进行认真的审讯。 
肯尼迪是怎么死的
