与南越吴庭艳
1955年10月，由美国中情局支持的吴庭艳当上了“越南共和国”（南越）总统，实际上就是南越反共集团的头领。在美国的支持下，吴庭艳集团对南越进行了令人发指的残暴统治，激起了当地民众的强烈愤慨。 对吴庭艳的做法，肯尼迪也有耳闻，他暗中指示有关人员调查吴庭艳集团的执政情况。其间，南越还爆出了一件震惊世界的事件：1963年5月，吴庭艳派兵干涉古都顺化佛教徒的佛事活动，多名和尚被开枪打死。6月11日，佛教界一位德高望重的和尚在西贡闹市街头自焚身亡。后来又有一些和尚相继效仿。此事一出，极大地震惊了美国政府。肯尼迪亲自致信训斥吴庭艳，警告他不要乱来，但得意忘形的吴庭艳根本听不进去。 肯尼迪政府开始反思美国在越南走的这一步棋：为什么他们扶持的南越政权这样惨无人道，还要搞宗教灭绝这种残暴的恐怖活动。沉思之后的肯尼迪猛然醒悟，必须尽快在南越“换马”，否则后患无穷。他下令中情局，着手“解决”吴庭艳。
1963年11月1日，美国政府为挽救败局，策动了南越的军事政变。次日中午，吴庭艳被政变军队乱枪打死在某个街角。此后，肯尼迪政府决定从越南撤军，但他的这一决定还没有来得及被执行，肯尼迪便于11月22日在达拉斯街头遇刺身亡。
是吴庭艳的余党对肯尼迪采取了报复行动？这种说法仅为笑谈而已。
阻止调查意图
美国黑社会头目博纳诺斯曾向当时负责调查肯尼迪遇刺事件的沃伦调查委员会承认，他与肯尼迪遇刺一案有着直接的关系，但沃伦调查委员会却始终没有对他进行询问。
此外，约翰·肯尼迪的弟弟、罗伯特·肯尼迪传记的作者都承认，罗伯特·肯尼迪曾经秘密阻止沃伦调查委员会调查肯尼迪之死的真相。而且，肯尼迪的大脑曾有一段时间“不翼而飞”。后来证实，是一名美国海军上将把它偷了出来，由人做了手脚后又重新放回，而这名幕后指使者就是罗伯特·肯尼迪。原因很简单，肯尼迪家族不敢揭露杀害肯尼迪总统的秘密，他们担心这个家族三兄弟的许多子女的安全。
约翰·费茨杰拉德·肯尼迪（1917年5月29日－1963年11月22日），美国第35任总统，美国著名的肯尼迪家族成员，他的执政时间从1961年1月20日开始到1963年11月22日在达拉斯遇刺身亡为止。
肯尼迪是怎么死的
