在日本国内对于鲸鱼肉的食用也存在着两种声音“喜爱派”与“保守派”。在近20年间日本的一些环境保护民间组织就曾通过披露日本渔村残忍屠杀鲸类的场景，试图阻止对鲸类的猎杀和食用，但是效果并不很见效。然而，当“鲸类体内容易蓄积水银等有害物质”等研究发现公开之后，市场上对海豚、鲸鱼等鲸类肉质的需求受到很大打击。日本厚生劳动生对鲸肉类中水银含量的标准是0.4ppm(毫克每克)，但从领航鲸的样本中就曾检测出超标十倍的水银含量。日本厚劳省提出孕妇、儿童等慎用鲸鱼类肉质，在太地町每年都会对居民进行水银的检测。
日本南极偷猎鲸鱼,日本偷猎鲸鱼
即便如此，鲸鱼类肉并没有从饭桌上消失。“喜爱派”认为，从陆地近海捕捉的海豚等或许存在以上问题，但从南极海域捕获的鲸类受污染程度小，体内蓄积的有害物质与其他动物相比要少的多。除此以外最大的原因恐怕还是抵不住鲸鱼肉的美味与营养价值。鲸鱼肉水分多肉质细软，可塑性很强，日本常用的料理方法几乎都可以用来处理鲸鱼肉。另外鲸鱼肉富含蛋白质、不饱和脂肪酸，又是富含铁元素的红色肉，被认为是高蛋白低卡路里的健康食材。日本很多地方都会举办鲸鱼美食节，展示鲸鱼肉料理以及各式各样的加工食品。
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